ООО «Невский центр педагогических компетенций» имеет структурное подразделение ООО «Невский центр педагогических компетенций», основной целью которого является реализация дополнительных профессиональных образовательных программ (повышение квалификации и профессиональная переподготовка), имеющего разрешение на осуществление образовательной деятельности на территории инновационного центра «Сколково».
Управление осуществляется в соответствии с действующим законодательством и Уставом.
Управление образовательным учреждением строится на принципах единоначалия.
Единоличным исполнительным органом является Генеральный директор ООО «Невский центр педагогических компетенций» Герасимова Юлия Сергеевна.